Load, ReLoad, Garage Inc., S&M
После почти трёхлетнего турне в поддержку The Black Album, Metallica вновь отправилась в студию для создания и записи своего шестого студийного альбома Load. Они сделали перерыв в 1995 году и отыграли три концерта в Donington Park при поддержке групп Slayer, Skid Row, Slash’s Snakepit, Therapy? и Corrosion of Conformity. Короткое турне было названо «Escape from The studio Tour 1995». Metallica потратила около года на написание и запись новых песен, составивших альбом 1996 года Load. На ранних стадиях работы над альбомом предполагалось, что Load будет двойным альбомом. В конце концов было решено, что лучший вариант — выпустить сначала половину песен, продолжить работу над остальными, и выпустить их в следующем году. Следующий за Load альбом был назван ReLoad.
В 1996, вместе с релизом Load, все участники Metallica состригли себе волосы (хотя Хэммет в итоге вновь их отрастил), что было высмеяно фанатами, включая друзей группы Alice in Chains.
Эти альбомы представили существенные изменения в музыке Metallica. Скоростные темпы предыдущих работ группы были сменены медленным блюзовым звучанием гитар. В некоторых песнях использованы новые инструменты включая волынку в «Low Man’s Lyric». Изменения в музыке, сделанные в Load и ReLoad были ожидаемы после предыдущих экспериментов (особенно в альбоме Metallica).
Эти альбомы продавались хуже предыдущих трёх. Хэтфилд позже отметил в документальном фильме Some Kind of Monster, что изначально по планам группы песни из обоих альбомов должны быть лишь среднего качества, и неоднократно шлифовались и перерабатывались, пока не было решено, что они подходят для релиза.
В 1998, Metallica выпустила двойной CD, названный Garage Inc.. Первый диск содержал недавно записанные кавер-версии песен различных групп начиная Killing Joke, The Misfits, Thin Lizzy, Mercyful Fate и Black Sabbath и заканчивая неожиданно выбранными Nick Cave и Bob Seger. Второй CD собрал вместе ранее выпущенные кавер-версии, включая оригинал The $5.98 E.P.: Garage Days Re-Revisited, который уже стал редкой записью. На диске также содержались бонус-треки 1994 года.
7 марта 1999 мэр Сан-Франциско Уилли Браун объявил «Официальным днём Metallica» в городе. Месяцем позже, 21-22 Апреля, группа записала два концерта с симфоническим оркестром Сан-Франциско, в то время дирижируемым Майклом Каменом. Камен, который уже работал с Бобом Роком над «Nothing Else Matters», предложил группе идею комбинирования музыки Metallica с симфоническим оркестром. Камен и оркестранты сочинили дополнительный оркестровый материал для нескольких песен группы, и на концерте было сыграно много песен начиная со времен Ride The Lightning. Metallica также представила две новые песни: «Minus Human» и «No Leaf Clover» по ходу концерта. Запись аудио и видеосъёмка концерта были выпущены в ноябре того же года как альбом S&M.
В 2000 Metallica записывает песню «I Disappear» для фильма «Миссия невыполнима 2».

St. Anger
Так как Metallica планировала вернуться в студию в 2001, Ньюстед покинул группу из-за, как он сказал, «физического вреда, который он нанёс себе за годы игры музыки, которую он любит». Однако из последующих интервью с Ньюстедом и оставшимися участниками Metallica стало известно, что желание Ньюстеда выпустить запись своего проекта Echobrain и отправится с ним в турне и упорное сопротивление этому Хэтфилда стали основными причинами ухода басиста из группы. Также интервью журнала Playboy раскрыло тот факт, что подшучивания над Ньюстедом как над новичком, начавшиеся с момента его прихода в группу, не прекратились со временем. Плюс ко всему, у Ньюстеда никогда не было статуса партнёра в написании песен, который был у Клиффа Бёртона (за 15 лет вместе с группой он был соавтором лишь трёх песен — «Blackened» из ...And Justice for All, «My Friend Of Misery» из Metallica и «Where The Wild Things Are» из ReLoad). Документальный фильм 2004 года Some Kind of Monster пролил больше света на уход Ньюстеда из Metallica.
В июле 2001 Хэтфилду пришлось пройти курс реабилитации в связи с «алкоголизмом и другими вредными привычками». Около года Metallica не делала ничего важного. Ларс Ульрих и Киpк Хэмметт первое время всерьёз считали, что с группой может быть всё кончено. В конце концов Джеймс вернулся в группу, но работал лишь по четыре часа в день, остальное время проводил со своей семьёй. Медленно Metallica сочиняла и записывала материал для своего нового альбома. Боб Рок исполнял партии бас-гитары. Создание альбома было документировано в фильме Some Kind of Monster. После записи нового альбома Metallica проводила прослушивания для постоянной замены Ньюстеда в начале 2003 года. Роберт Трухильо, бывший член групп Suicidal Tendencies и Ozzy Osbourne, был выбран в качестве нового басиста Metallica. Резюме Роберта включало также Infectious Grooves и работу с Black Label Society на их DVD Boozed, Broozed, and Broken-Boned. Так как Metallica продолжила своё существование, Джейсон Ньюстед также нашёл себе музыкальный приют в легендарной канадской трэш-метал группе Voivod в 2002 году. Также стоит отметить тот интересный факт, что Джейсон стал заменой Роберта Трухильо в группе Ozzy Osbourne на протяжении турне Ozzfest в 2003 году (в этом турне также принимала участие группа Voivod).
В июне 2003 года дебютировал восьмой студийный альбом Metallica St. Anger, занявший первые рейтинги в чартах. Будучи намеренно «сырым» и неотшлифованным альбомом, St. Anger был сурово раскритикован фанатами. «Сырое» звучание записи, «гибкость» высоты вокала Хэтфилда, «металлическая» подзвучка ударных Ульриха и полное отсутствие гитарных соло получили отдельную критику. Несмотря на всё это альбом выиграл премию Грэмми за «Лучшее метал-выступление» в 2004 году.
Обширное турне «Summer Sanitarium Tour 2003» в поддержку St. Anger длилось два года, на концертах выступали также группы Mudvayne, Deftones, Linkin Park, и Limp Bizkit. Также стоит заметить, что во время длительного турне Metallica «Madly in Anger with the World» с группой Godsmack почти каждое выступление профессионально записывалось и продавалось на сайте LiveMetallica.com. Группа сделала перерыв в 2005 году, проведя большую часть времени с друзьями и семьей, однако отыграла два исторических шоу на открытии для Rolling Stones в Сан-Франциско.

16 февраля 2006Metallica на своём официальном сайте анонсировала, что после более 15 лет сотрудничества с группой Боб Рок, который продюсировал все альбомы с 1991 года, не будет принимать участия в записи следующего альбома. На данный момент Metallica работает над новым альбомом с продюсером Риком Рубином, который продюсировал такие группы как System of a Down, Slipknot, Linkin Park, My Chemical Romance, Red Hot Chili Peppers, Slayer и Rage Against the Machine. 6 июня 2006 в Берлине в рамках тура «Escape from the Studio '06» группа сыграла новую песню, временно названную «The New Song». 12 августа 2006 в Токио в рамках Азиатской ветви турне Metallica представила публике ещё одну новую песню, получившую временное название «The Other New Song».
Группа и до этого играла новые песни ещё до их выхода: четыре песни из Ride the Lightning («Fight Fire with Fire», «Ride The Lightning», «Creeping Death» и «The Call Of Ktulu») были впервые сыграны до выхода альбома; «Disposable Heroes» из альбома Master of Puppets была впервые представлена публике 14 сентября 1985 года; песню «Harvester Of Sorrow» из альбома ...And Justice for All сыграли ещё в 1987 году; песню «2x4» (альбом Load) — во время мини-турне Escape from the Studio 1995 года; и четыре песни из ReLoad («Fuel», «Devil's Dance», «The Memory Remains» и «Bad Seed») игрались на нескольких концертах 1996-97 годов.
Metallica пошла на встречу многочисленным просьбам фанатов и решила сделать каждый из своих альбомов доступным в музыкальном интернет-магазине iTunes, однако только в США и Канаде. В первые четыре альбома были добавлены эксклюзивные записи из концерта 1989 года в Сиэтле.
13 октября 2006 годаMetallica анонсировала выпуск нового DVD, содержащего все их видеоклипы с 1989 по 2004 год. Диск The Videos 1989-2004 был выпущен 4 декабря 2006 года во всём мире и 5 декабря в Северной Америке. Вскоре The Videos 1989—2004 также стал доступным на iTunes.
Группа также выпустила кавер-версию песни Эннио Морриконе «The Ecstasy of Gold» в совместном трибьют-альбоме We All Love Ennio Morricone, который вышел 20 февраля 2007 года в честь композитора. «The Ecstasy of Gold» открывала концерты Metallica более 20 лет, но была оригинальной аранжировкой и всегда проигрывалась из записи. В новой версии сама группа исполняет её в новой интерпретации, основанной на гитарах.
12 марта 2007 годаMetallica начала непосредственно запись нового, девятого по счёту студийного альбома. Также был анонсирован летний тур (позже названный «Sick of the Studio '07»).
18 июля 2007 года, через 16 лет после первого приезда в Москву, Metallica снова отыграла концерт в России. Концерт прошёл на Большой спортивной арене Лужников, его посетили более 60 000 фанатов группы.
14 июня 2008 годагруппа обнародовала название своего девятого альбома - Death Magnetic. В течение недели группа публиковала на своем сайте имя будущей пластинки, начав с букв D и C прибавляя по две буквы в день.
18 июля 2008 годаMetallica отыграла концерт в России, но на этот раз в Санкт-Петербурге, в СКК "Петербургский", который вмещает в себя всего 25 000 человек. Однако, в отличие от московского концерта, в этот раз билеты продавались без участия спекулянтов, стоимость билетов у которых превышала в 2 раза номинальную.

Вышедший 12 сентября Death Magnetic только в США разошелся тиражом в 490 000 экземпляров. Альбом продается значительно лучше, чем предыдущая пластинка Metallica St. Anger (2003 год). Новая студийная работа по продажам уступает лишь работе 1996 года Load, - за первую неделю было продано 680 тысяч экземпляров пластинки, сообщает Reuters.

Death Magnetic - шестая по счету запись Metallica, дебютировавшая в чартах Billboard 200. Последний раз Metallica фигурировала в списке самых продаваемых артистов в 2004 году, когда был выпущен сингл Some Kind of Monster.

Новый альбом стал девятой пластинкой в студийной дискографии ветеранов метал-сцены и первой работой Metallica с новым басистом Робертом Трухилльо.

Сколько копий Death Magnetic было продано в Великобритании, пока не уточнялось, известно лишь, что Metallica отодвинула на второе место Glasvegas и лишила второго места певицу Рианну, сообщается на сайте NME.

Официальный релиз пластинки состоялся 12 сентября. За десять дней до этого запись попала в Интернет и быстро разошлась по файлообменным сетям. Так, на торрент-сайте Demonoid к 17 сентября Death Magnetic скачали около 10 000 раз.

Отметим, что издание альбома включает в себя не только роскошные буклеты и плакаты, но и футболку и фанатский флаг.